Создателями Иркутского диагностического центра являются Борис Александрович Говорин и Игорь Васильевич Ушаков.

10 октября 1993 года мэр г. Иркутска Б.А. Говорин подписал постановление о создании Иркутского диагностического центра. Реализация проекта была поручена И. В. Ушакову, тогда ассистенту кафедры факультетской терапии ИГМИ.

На стадии создания Диагностический центр планировался как небольшое учреждение на 10–15 кабинетов, но по мере изучения опыта организаций и работы подобных центров за рубежом и в России, стало ясно, что этим не обойтись.

Весьма интересна история здания, в котором сейчас находится Диагностический центр. Его строительство началось в конце 80-х годов и в начале планировалось разместить здесь большой универсам, однако перестройка завершалась, денег в городском бюджете не было, и в 1993 году здание было включено в программу приватизации объектов незавершенного строительства. Удачное расположение здания вблизи основных транспортных артерий, практически в центре города, привлекло многих потенциальных покупателей. Но за 2 недели до выставления здания на торги в январе 1994 года, Б. А. Говорин подписал распоряжение о перепрофилировании помещения под Диагностический центр.

Предварительные расчеты затрат на реконструкцию здания и приобретение диагностического оборудования показали, что городской бюджет не в состоянии профинансировать этот проект. Начались поиски источников финансирования. В 1994 году состоялась встреча руководителя Хабаровского представительства известной японской фирмы «Марубени корпорейшн» господина Фудзии с Б.А. Говориным, на которой впервые обсуждалась возможность привлечения части гуманитарного 500-миллионного кредита (в долларах США) Эксимбанка Японии для финансирования нашего проекта. Основным условием Б.А. Говорина было возможность использования части кредита на строительные работы. Фирма «Марубени», вначале отказавшись рассматривать такую возможность, в дальнейшем провела большую работу в Правительстве Японии и в Эксимбанке, результатом которой стало решение о возможности использования части кредита на строительные работы, при условии, что они будут выполняться не российскими строительными компаниями.

Администрация Иркутска приняла решение о привлечении к строительству фирмы «Ксемитрейд» (Кипр), построившей к тому времени бизнес-центр и центральный рынок в Иркутске. По поручению мэра, И.В. Ушаковым был подготовлен и направлен в заинтересованные ведомства (Минфин, Минздрав, Минэкономики, Внешэкономбанк, Госкомоборонпром, МВЭС и пр.) весь необходимый пакет документов. Первый ответ из Минфина был не утешительным — отказ, так как на всю сумму кредита уже подано заявок на 550 млн. долларов. Это были проекты от строительства шинного завода в Красноярске, до молочного комбината в Хабаровске.

Однако работа продолжалась. Это был самый сложный период реализации проекта. В каждом ведомстве необходимо было не просто получить согласование, но и доказать необходимость и целесообразность строительства такого центра именно в Иркутске. Только понимание правильности выбранного решения, упорство и настойчивость Б.А. Говорина и И.В. Ушакова позволили добиться изменения позиции федеральных чиновников. В итоге в 1996 году было подписано распоряжение Правительства РФ о целесообразности привлечения кредита Эксимбанка в 16,15 млн. долларов США для финансирования строительства и оснащения медицинским оборудованием Диагностического центра в Иркутске.

Благодаря экспертизе Торгово-промышленной палаты Восточной Сибири удалось уменьшить цену на медицинское оборудование на сумму около 4 млн. долларов, увеличить срок гарантийного обслуживания до 1,5 лет и включить в контракт пункт, позволяющий непосредственно до поставки оборудования заменить его на более современное без изменения цены. В октябре контракт был заключен. В июне 1997 было подписано индивидуальное кредитное соглашение по проекту, а в ноябре был заложен первый кирпич в реконструкцию здания под диагностический центр.

С тех пор пришлось преодолеть еще много трудностей: был и дефолт 17 августа 1998 год, и война в Югославии, но все участники проекта и управление капитального строительства (начальник Луковников Александр Иванович), и фирма Ксемитрейд (президент Ксения Мичович), и фирма Агродорспецстрой (президент Голышев Валентин Александрович) приложили много сил для его успешного завершения. В результате только проект Иркутского диагностического центра из всей 500-миллионной кредитной линии Эксимбанка Японии реализован и работает.

10 июля 1999 года диагностический центр был торжественно открыт, а уже 12 июля принял первых пациентов.

Открывала ИДЦ Председатель Совета Федерации РФ Валентина Ивановна МАТВИЕНКО.

10 января 2000 г. диагностический центр получил статус областного учреждения.

25 марта 2001 года Иркутский диагностический центр посетил Президент России Владимир Путин. Совместно с  премьер–министром Японии Иосиро Мори они осмотрели медицинские отделы, пообщались с коллективом врачей. Владимир Владимирович оставил свое пожелание сотрудникам Центра: «С уважением и на счастье!»

10 июля 2007 года ИДЦ получил сертификат ISO 9001:2000 на соответствие качества предоставляемых услуг международным требованиям и отечественным ГОСТам. Центр стал первым государственным медицинским учреждением в России, который стандартизировал все процессы своей деятельности, используя самые современные  технологии менеджмента. Неизменно высокое качество медицинских услуг центр добивается путем интеграции этих технологий с передовыми информационными технологиями. Коллектив Иркутского диагностического центра, руководствуясь принципом непрерывного совершенствования, и сейчас занимается развитием инновационных управленческих и медицинских технологий.  

В 2014 году проведено полное переоснащение Центра медицинским оборудованием. Закуплены и установлены аппараты, являющиеся лучшими образцами медицинской техники мировых производителей.

Также проведен ремонт здания и реконструкция всей прилегающей территории. Площади перед зданием Центра присвоено название Площадь российско-японской дружбы.

3 марта в Братске состоялась церемония закладки памятной капсулы в честь начала строительства филиала Иркутского диагностического центра. В капсулу заложено послание потомкам, вскрыть которую назначено в 2042 году. В церемонии принял участие губернатор области Сергей Левченко.

5 марта 2018 года в Братске состоялась торжественная церемония открытия филиала Иркутского диагностического центра.  В церемонии приняли участие губернатор Иркутской области Сергей Левченко, министр здравоохранения региона Олег Ярошенко, мэр Братска Сергей Серебренников, главный врач центра Игорь Ушаков.

На строительство потрачено 343 миллиона рублей, еще на 440 миллионов рублей приобретено медицинское оборудование экспертного уровня. Филиал построен без привлечения бюджетных средств. Финансирование осуществлялось за счет собственных средств ИДЦ и кредитных ресурсов - займ под 7% годовых на возвратной основе в Корпорации развития Иркутской области (возврат в течение 5 лет).

Открылась новая ультрасовременная полностью автоматизированная клинико-диагностическая лаборатория Иркутского диагностического центра. Новый лабораторный корпус по праву называют крупнейшим на территории от Урала до Дальнего Востока.

Реализацией данного проекта Иркутский диагностический центр занимался полностью самостоятельно, без государственного участия и финансирования из бюджета. В лаборатории установлена медицинская техника экспертного класса ведущих мировых производителей – лидеров в области лабораторных технологий. Высокая степень автоматизации и роботизации процессов производства анализов на всех этапах практически исключают возможность ошибок и гарантируют быстрый и точный результат пациентам.

Главный врач Иркутского диагностического центра награжден специальным Почетным знаком имени Юрия Абрамовича Ножикова. Знак учрежден Законодательным собранием Иркутской области, его вручают с 2011 года. Лауреатами становятся жители региона, которые внесли существенный вклад в развитие области, добились высоких результатов в своей деятельности.

На торжественной церемонии награждения председатель Законодательного собрания области Александр Ведерников отметил, что благодаря деятельности главного врача ИДЦ жители региона узнали, что такое качественная медицинская помощь, каким стандартам должно соответствовать медицинское обслуживание. Благодаря многолетнему труду и упорству Игоря Васильевича в регионе есть один из лучших диагностических центров страны.

22 ноября ушел из жизни основатель Иркутского диагностического центра и его первый главный врач Игорь Васильевич Ушаков.

Назначен новый главный врач - Елена Викторовна Белых. Почти 15 лет она была заместителем И.В. Ушакова по медицинской части и его верным соратником.